Изборът на материал за муфелна пещ е пряко свързан с неговата устойчивост на висока температура, механична якост, химическа стабилност и термична ефективност. Традиционните муфелни пещи използват най-вече устойчиви на висока температура материали като огнеупорни тухли и силициев карбид за изграждане на пещта и корпуса на пещта, въпреки че тези материали имат добра устойчивост на висока температура, но има ограничения в механичната якост, устойчивостта на термичен шок и устойчивостта на химическа атака . Ето защо при проектирането на новата муфелна пещ изборът на материали е особено важен.
През последните години, с непрекъснатото развитие на високотемпературни структурни материали и композитни материали, серия от високоефективни материали бяха въведени в производството на муфелни пещи. Например високотемпературните сплави, керамичните композити и специалните стъкла не само имат отлична устойчивост на високи температури, но също така имат отлична механична якост, устойчивост на термичен шок и химическа стабилност. В допълнение, прилагането на нововъзникващи материали като наноматериали и технология за покритие също носи нови възможности за подобряване на работата на муфелните пещи.